《南宁师范大学学报》创刊于1980年，1983年分哲学社会科学版和自然科学版。再往前一点时间是广西教育学院创办的《教育革命》。经国务院批准，以广西教育学院师训部为基础于1978年成立南宁师范学院，为此，原广西教育学院编辑出版的院刊《教育革命》从1979年更名为《南宁师院》，1980年改为《南宁师院学报》。

《南宁师范大学学报（自然科学版）》管办合一于南宁师范大学，出版全流程由主办单位下设的学报编辑部负责。纸质整期出版后网络化与单篇分类传播由多个出版机构：《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社、万方数据股份有限公司、北京世纪超星信息技术发展有限公司域出版合作中心、重庆维普资讯有限公司等完成。自然科学版主要刊发数学、物理、化学、地理（经济地理、人文地理）、资源与环境科学、计算机科学、体育等研究的具有创新的学术论文。

        创刊至今，学校历届党政领导高度重视学报的出版，保证办刊必需的人力、物力和经费，出版全流程的采稿、管理、编辑、排版、图片制作等印前工作全部由编辑部计算机网络化完成，同时编辑部积极借力于中国学术期刊（光盘版）电子杂志社的排版技术、期刊数字化及数字化传播支持，为学报质量不断提高，更好地与国内交流，提供有力的保障。 

       《南宁师范大学学报（自然科学版）》为《中国学术期刊》《中国学术期刊综合评价数据库》和《万方数据库》来源期刊。